中山县卫生局成立于1960年6月，“文化大革命”期间被撤销,先后称“中山县革命委员会抓革命促生产组卫生组”、“中山县革命委员会生产组卫生办公室”，1971年11月，复称中山县卫生局。1978年11月，中山县卫生局班子重组，被定为全县的卫生行政机构。1979年，局办公地点设在石岐孙文中路56号，同年2月与计划生育办公室分家。1983年12月，随中山撤县建市改称中山市卫生局；1984年4月内设行政股、人事股、医政药政股、预防保健股、爱国卫生运动委员会办公室(属非常设机构)。1988年1月，中山升为地级市，8月市卫生局定为正处级行政机构，下设办公室、政工科、医政药政科、预防保健科、爱国卫生运动委员会办公室。1991年4月，增设财务科、老干科、法制科。1994年12月，局办公地点迁至石岐孙文中路91号后座。1997年中山市委成立干部保健领导小组，下设中山市干部保健办公室，设在医政药政科。2000年，将卫生局药政、药检的行政职能和下属的药品检验所转入市医药管理局；同年7月将公费医疗管理职能划归市社保局，农村合作医疗管理职能划归市农业局。2001年7月局内设6个职能科(室):办公室、规划财务科、医教科、预防保健科（与市爱国卫生运动委员会办公室合署）、政工科(与监察室合署，挂卫生人才交流服务中心牌子)、老干科。2003年农村合作医疗管理职能由市农业局再次划归市卫生局。2003年11月设置市爱国卫生运动委员会办公室为正科级内设机构。2005年，卫生局内设职能科（室）有：办公室、规划财务科、医教科（内设干部保健办公室）、预防保健科、市爱国卫生运动委员会办公室、政工科（与监察室合署并挂卫生人才交流服务中心牌子）、老干科、农村合作医疗办公室。

　　中山市各镇（区）没有独立设置镇一级的卫生行政管理机构，卫生管理工作由各镇（区）文教卫办公室负责。