1991年5月起开展民事检察工作，1992年10月设立民事行政检察科（与控告申诉科合署办公）。1991—1994年，控告申诉部门受理民事和行政申诉案件4宗，均作息诉处理。1995年9月民事行政检察科单独设立，至1997年受理民事、行政申诉案件12宗，提请省检察院抗诉1宗，向法院提出检察建议2宗，息诉7宗。1998年起，到26个镇（区）开展法律咨询、上门受理申诉，鼓励律师代理申诉，扩大民事行政申诉案源。至2003年，受理民事、行政申诉案件317宗，其中，向市中级人民法院提出抗诉4宗，提请省检察院抗诉10宗，建议省检察院提请最高人民检察院抗诉案件2宗，提出检察建议7宗，息诉191宗，促成民事和解1宗，作其他处理102宗，抗诉涉案标的金额7000万元。

　　2004年起，市、区两级检察院坚持敢抗、会抗、抗准的办案原则，与市中级人民法院联签《关于办理民事行政案件相互配合若干问题的意见》，理顺监督程序。成功办理涉案人数超100人的王某等人与市人民医院的劳动纠纷案，通过向法院提出检察建议等方式，使案件得以改判。支持古镇镇政府就香山纸制品厂转让一案提起转让行为无效诉讼，为国家挽回经济损失2400万元。至2005年，受理民事行政申诉案件453宗，决定立案237宗；对确有错判和裁定提请抗诉或建议提请抗诉76件，直接抗诉5件，向法院提出检察建议35件。2005年初，市检察院民事行政检察工作受到最高人民检察院表彰。