孙中山在欧洲筹组革命组织期间,已迫切感到建立全国性组织的必要性。此时,孙中山的声誉日渐影响于世人,不少东亚革命志士把他视作民族解放的旗手。
    光绪三十一年(1905),华兴会会员酝酿设立“大湖南北同盟会”,主张待孙中山来到东京后,奉他为领袖。此间由于一些革命志士在国内起义失败后多逃亡东京,一批批血气方刚的逃难者与留日学生相会合,一时革命精英荟萃,为中国革命联合组织在东京建立创造了有利条件。
    孙中山了解到东京中国留学界反清情绪日涨后,决定离欧返日。五月初九日(6月11日),孙中山从法国马赛乘船东返。六月初(7月初)经新加坡,上岸与华侨陈楚楠、张永福、林义顺等见面。孙中山把自己去东京的计划告诉了他们。陈楚楠等人表示了对孙中山及革命事业的热烈支持。几天以后,孙中山写信给陈楚楠,说自己此行将“先查探东方机局,以定方针,方针一定,再来南地以招集同志,合成大团,以图早日发动。今日时机已熟,若再不发,恐时不我待,则千古一时之会恐不再来也”。此时,孙中山赴日本,运筹“合成大团”即建立一个统一的革命党的思维取向经已十分明晰。
    六月十七日(7月19日),孙中山抵达日本横滨,稍作逗留,于下旬前往东京。对孙中山翘望已久的留日学生,把他当作“中国英雄中之英雄” 、“四万万人之代表”。经宫崎寅藏介绍,孙中山会见了在留学生尤其是在人数众多的湘籍学生中颇具影响的华兴会首领黄兴,两人畅谈革命形势,相见恨晚。孙中山建议,兴中会与华兴会联合,共同致力革命。
    六月二十六日(7月28日),孙中山访问《二十世纪之支那》杂志社,与陈天华、宋教仁等会面。孙中山继续对华兴会骨干做思想工作:“现今大势及革命方法,大概不外联络人才一义,中国现在不必忧各国之瓜分,但忧自己之内讧,……故现今之主义,总以互相联络为要。”(据《宋教仁日记》)孙中山忆及上一年广西会党曾派人到香港“招纳人才”的事,强调革命党中坚应对各地的民众起义加强领导的必要性。孙中山的谈话高瞻远瞩,又切中时弊,给宋教仁等以深刻的震动,他们首肯了孙中山关于组党的建议。第二天,华兴会成员对孙中山的建议进行讨论,黄兴、陈天华都主张集体参加孙中山计划组织的革命大团体,黄兴则“主形式上入孙逸仙会,而精神上仍存吾团体之说”,最后决定“个人自由”。实际上华兴会的主要骨干人物都接受了孙中山组织全国性政党的主张。
    六月二十八日(7月30日),孙中山邀约各省有志于革命的留日学生(甘肃除外)及旅日华侨70多人在东京赤坂区桧町三番地黑龙会址开会,与会者有兴中会、华兴会、光复会、科学补习所的成员,也有其他组织的成员,大家都是以个人身份而非团体名义出席会议。孙中山于会上阐明了各省革命力量联合的必要性,确定了统一的革命组织的名称和宗旨。初始有建议称“对满同盟会”,孙中山认为“对满”含有狭隘民族主义的色彩,经他解释后,定名为“中国同盟会”。孙中山建议采用“十六字”作为同盟会的宗旨,有人对“平均地权”产生疑问,孙中山即席解释解决社会民生问题的重要性。“十六字”纲领遂被全体接受,并写在盟书上。孙中山带领与会者举行宣誓加盟仪式。会议还推举黄兴等8人负责起草同盟会章程。这样,成立同盟会的准备工作在孙中山直接领导下基本就绪。
    七月十三日(8月13日),黄兴、宋教仁、陈天华等发起召开一个留日学生欢迎孙中山大会。到会者1300余人,宋教仁致欢迎词。之后,孙中山对留日学生发表了演说。他阐释了民族民主革命的主张,驳斥了中国目前“只可立宪,不可革命”的保皇谬论,呼吁人们革命救国,发奋自雄,建立一个屹立于世界的头等民主共和国;热切希望革命志士努力奋斗,推进革命进程。他满怀自信地说,只要我们善于利用我国固有的优越条件,“取法乎上”,采行革命手段,“决不要随天演的变更,定要为人事之变更”,我们就能以异常之速度,完成一突飞猛进之进步,二十年之后,我国的国力就不仅“突驾日本”,“比美国还要强几分”。孙中山的演说,博得与会者阵阵掌声,反响非凡。
    是月二十日(8月20日),中国第一个资产阶级革命政党——中国同盟会,在东京赤坂坂本金弥宅正式宣告成立。这天下午,与会的中国革命志士举行庄严宣誓,表示了革命的志愿:“当天发誓:驱除鞑虏,恢复中华,创立民国,平均地权,矢信矢忠,有始有卒,如或渝此,任众处罚。”
    成立大会通过了同盟会章程草案,赞同以十六字纲领为本会宗旨,决定在东京设立同盟会本部,把《二十世纪之支那》杂志改组为同盟会机关报——《民报》。一致推举孙中山为总理,黄兴为执行部庶务,协助孙中山主持本部工作。总部之下设执行、评议、司法三部;于国内外分设9个支部,各省区成立分会;大会还授权孙中山、黄兴、章炳麟等制订同盟会《革命方略》,包括《军政府宣言》、《对外宣言》、《略地规则》等11个文件,以供各地革命党人武装起义时使用。这11个文件于光绪三十二年(1906)秋冬间制定出来。
    《军政府宣言》是同盟会的纲领性文件,它所集中体现的自由、平等、博爱的精神,是对同盟会宗旨的最确切的解释。驱除鞑虏,即武装推翻穷凶极恶的清政府,还我主权;恢复中华,即光复中华民族的国家,坚决打击为虎作伥的汉奸;建立民国,即建立一个国民皆有参政权的国民政府,公举总统,组织议院,制定宪法,“敢有帝制自为者,天下共击之”;平均地权,即核定地价,涨价归公,社会发展的成果,由国民共享,“敢有垄断以制国民之生命者,与众弃之”。这一纲领内容,孙中山在《〈民报〉发刊词》里概括为民族、民权、民生三大主义,即后来的三民主义。孙中山还确定实施这一纲领的步骤,分成军法、约法、宪法三个时期。
    同盟会成立后,留日学生相继入会者400余人。孙中山“始信革命大业可及身而成”。光绪三十一年八月初十日(1905年9月8日),孙中山委派冯自由、李自重前往香港、广州、澳门联络同志接收会员。不久香港兴中会改组为同盟会分会,陈少白任会长。
    是年九月(10月),同盟会本部派胡汉民出席保皇党所召开的戊戌、庚子死事诸人追悼纪念会,揭露康梁派保皇、立宪的欺骗宣传。十月三十日(11月26日),同盟会机关报《民报》在东京正式面世。孙中山为《民报》撰写了发刊词,首次公开揭示“民族”、“民权”、“民生”三大主义,强调说明“今者中国以千年专制之毒而不解,异种残之,外邦逼之,民族主义、民权主义殆不可以须臾缓。而民生主义,欧美所虑积重难返者,中国独受病未深,而去之易。是故或于人为既往之陈迹,或于我为方来之大患,要为缮吾群所有事,则不可不并时而弛张之。”又特别指出实行民生主义的必要,提出“举政治革命、社会革命毕其功于一役”的主张,提出了必须批判保皇谬论的任务。这一期还刊登了孙中山在东京留学生欢迎会上的演说。此两篇檄文对革命与保皇的重要分歧作了界定,实际上为革命派批判改良派定下了理论基调。《民报》的编辑及主要撰稿人,如胡汉民、汪精卫、朱执信、宋教仁等为文立论,都是以阐发三民主义为己任。光绪三十二年四月初(1906年4月下旬),《民报》第三号发行号外,列举《民报》和《新民丛报》十二个根本分歧的问题。同年十月十七日(12月2日),同盟会在东京神田锦辉馆举行了《民报》创刊周年庆祝大会,莅会者近万人。大会由黄兴主持,孙中山在发刊周年庆祝大会上作了重要演说,针对改良派对革命纲领的蓄意中伤和革命派内部思想状况,比较深刻地阐明了三民主义要旨,对三民主义政治纲领作了总的概括:“因不愿少数满人专利,故要民族革命;不愿君主一人专利,故要政治革命;不愿少数富人专利,故要社会革命。……达到了这样三个目的之后,我们中国当成为至完美的国家。”还提出了行政、立法、司法、考试、监察“五权分立”的主张,为未来共和国的建设框定了具体方案。这篇演讲发表在该月刊行的《民报》第十期,为革命派摧毁改良派思想阵地进一步提供了思想武器。
    除日本东京《民报》和《新民丛报》两大阵营对垒外,海外华侨报纸也闻风响应孙中山的号召,纷纷投入论战。光绪三十二年(1906)后,孙中山为了策动中国西南边境的武装反清起义,偕同革命派一些重要骨干转到南洋活动。保皇党又在南洋组织阻击、破坏,他们以《南洋总汇报》为阵地,诋毁革命。光绪三十三年二月中旬(1907年3月下旬),孙中山赴新加坡,协助当地同盟会分会领导人陈楚楠等创办《中兴日报》,为该报确立革命宗旨,对《南洋总汇报》进行还击。孙中山还于光绪三十四年八月(1908年9月)以“南洋小学生”为笔名在《中兴日报》上发表《论惧革命招瓜分者乃不识时务者也》和《平实尚不肯认错》两篇批判保皇党的文章。其他如缅甸、泰国、美国、加拿大等地的革命党人也按照孙中山的意图,对保皇党大张挞伐,在更广阔的范围内对保皇党的舆论展开批判。
    这场持续多年的论战是围绕着要不要革命、要不要民主共和、要不要改变封建土地所有制进行的,争论的焦点是革命救国还是保皇救国。改良派宣传清朝光绪皇帝是旷世圣君,满汉已经平等,清政府已经革新立宪,毋须进行暴力革命;革命必将引起大乱,帝国主义势必干涉,中国必亡,等等;革命派则确认清王朝已经腐败至不可救药,只能推翻而不可能加以改善,只有打倒卖国的清政府,中国才能免于瓜分。改良派提出国民“程度不逮”论,认为中国人民尚未具共和国民资格;革命派则坚信中国人民具有自由平等的禀赋,有能力实行真立宪,要救国,就须取法乎上,选择世界上最文明的政治法律,只有实行共和革命,才不致群雄割据,陷国家于四分五裂,让外人乘隙而入,自亡其国。改良派阐述社会革命不必行,不可行,不能行,指孙中山倡导社会革命是黄帝逆子、中国罪人;革命派则竭力维护孙中山的平均地权主张,指出只有消灭地主和大资本家的垄断居奇,贫富才不致悬殊,人民才能安业,方不致再有伤损国家元气的二次革命,中国才能和平发展,迅速凌驾西方强国。
    经过这场针锋相对的激烈辩论,革命派击退了改良派。光绪三十三年(1907)初,梁启超要求停止论战,章炳麟倾向赞成,孙中山坚决反对,论战仍然继续下去。